La Universidad cuenta con cinco facultades que recorren desde la tecnología y ciencias sociales hasta las ciencias naturales y de la salud.
Facultad de Ciencias Administrativas y Económicas
 La Facultad de Ciencias Administrativas y Económicas de la Universidad Icesi se destaca por su contribución a la formación integral de personas líderes, creativas, honestas y poseedoras de los mejores conocimientos en pregrado, maestrías, especializaciones y educación continuada; y por su aporte al avance de los conocimientos mediante la investigación y la producción intelectual en economía, finanzas, negocios y organizaciones.
Esta Facultad cuenta con los programas de: Administración de Empresas, Contaduría Pública y Finanzas Internacionales, Economía y Negocios Internacionales, Economía con énfasis en políticas Públicas, y Mercadeo Internacional y Publicidad.
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Facultad de Derecho y Ciencias Sociales  La existencia de esta Facultad es uno de los efectos notables del Proyecto Educativo de la Universidad Icesi, donde el trabajo de los grupos de estudio, de los grupos de investigación y de los seminarios de todos los departamentos confluye hacia la existencia real del Centro de investigaciones Socio jurídicas: Precedente.
Esta Facultad cuenta con los programas de: Antropología, Ciencia Política con énfasis en Relaciones Internacionales, Derecho, Psicología y Sociología.
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Facultad de Ciencias Naturales  La Facultad inició con las carreras de Biología, Química y Química Farmacéutica, y cuenta con el apoyo de las empresas, que desde su inicio, respaldan a Icesi como Tecnoquímicas, la primera compañía farmacéutica de Colombia y una de las más grandes empresas fabricantes del país. También cuenta con la alianza estratégica del CIDEIM y el respaldo de la Fundación Valle del Lili, Cenicaña, y otras importantes instituciones y empresas de la región y del país.
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Facultad de Ciencias de la Salud  Con la firma de un convenio marco entre la Fundación Valle del Lili y la Universidad Icesi, se consolida lo que hemos denominado: una alianza profunda para la vida, y que es la base para que la Universidad Icesi presente su nueva Facultad de Ciencias de la Salud con su programa de Medicina.
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Facultad de Ingeniería  La Facultad de Ingeniería de la Universidad Icesi ofrece una amplia variedad de programas académicos: Ingeniería de Sistemas, Ingeniería Industrial, Ingeniería Telemática, Diseño Industrial y Diseño de Medios Interactivos, los cuales son dictados por profesores de alto nivel académico.
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