Cada Facultad consta de Departamentos Académicos, Programas Académicos de Pregrado y Postgrado, y una Oficina de Educación Continua.

Las funciones de administración y gestión de los Programas Académicos recaen principalmente sobre el Director del Programa, y los Jefes de los Departamentos Académicos que prestan servicios al respectivo Programa. Es de anotar que la estructura académica de la Universidad Icesi es del tipo matricial. Por un lado de la matriz se tienen los Programas Académicos, y por el otro los Departamentos que son las áreas del conocimiento que cubren los programas. Los departamentos académicos sirven a todos los Programas que así lo requieran.

A título de ejemplo, los cursos de Álgebra y Funciones y Cálculo en una Variable, que son ofrecidos por el Departamento de Matemáticas y Estadística, adscrito a la Facultad de Ingeniería, se dictan con el mismo contenido, intensidad horaria, metodología docente y sistema de evaluación para todos los Programas de la Universidad.

Con los dos primeros dígitos de la materia se puede asociar el Departamento al cual pertenece, por ejemplo la materia Investigación de Operaciones (05173), corresponde al Departamento de Ingeniería Industrial (05). A continuación se presenta el listado de los Departamentos Académicos: