La Junta Directiva está constituida por siete miembros nombrados por el Consejo Superior para períodos renovables de dos años y entre sus funciones están las de velar por: 

1. El cumplimiento de las políticas y los objetivos que fije el Consejo Superior.

2. La calidad académica de la Universidad.

3. Porque la marcha de la Universidad esté acorde con las disposiciones legales y porque los recursos de la Universidad sean empleados correctamente.

4. También debe aprobar, anualmente, el programa estratégico de la Universidad, el presupuesto anual de ingresos, gastos e inversiones y las modificaciones que considere necesarias. 
 
La Junta Directiva expide los reglamentos generales de la Universidad, los reglamentos del personal administrativo, del personal docente y el reglamento estudiantil. Puede crear, modificar y suprimir las unidades, programas y dependencias académicas y administrativas diferentes a los programas de pregrado y maestrías.

Francisco José Barberi Ospina, Presidente
Presidente Tecnoquímicas S.A.

Óscar Varela Villegas, Vicepresidente
Gerente General de Invicol S.A.

Miembros:

Mauricio Iragorri Rizo
Gerente General Ingenio Mayagüez

Gabriel José ÁngelL Botero
Asesoría y Consultoría

Carlos Eduardo Sinisterra Pava
Consultoría Empresarial y Sinergia

Isaac Yanovich Farbaiarz
Gerente de Yanovich y Cía.