La Junta Directiva está constituida por siete miembros nombrados por el Consejo Superior para períodos renovables de dos años y entre sus funciones están las de velar por: 

1. El cumplimiento de las políticas y los objetivos que fije el Consejo Superior.

2. La calidad académica de la Universidad.

3. Porque la marcha de la Universidad esté acorde con las disposiciones legales y porque los recursos de la Universidad sean empleados correctamente.

4. También debe aprobar, anualmente, el programa estratégico de la Universidad, el presupuesto anual de ingresos, gastos e inversiones y las modificaciones que considere necesarias. 
 
La Junta Directiva expide los reglamentos generales de la Universidad, los reglamentos del personal administrativo, del personal docente y el reglamento estudiantil. Puede crear, modificar y suprimir las unidades, programas y dependencias académicas y administrativas diferentes a los programas de pregrado y maestrías.

• Francisco José Barberi Ospina, presidente de Tecnoquímicas S.A.

• Óscar Varela Villegas, representante legal Invicol S.A.

Miembros:

• Gabriel José Ángel Botero, asesoría y consultoría.
• Gustavo Adolfo Carvajal Sinisterra, presidente de BICO Internacional.
• Carlos Eduardo Sinisterra Pava, consultoría empresarial y sinergia.
• Mauricio Iragorri Rizo, gerente general del Ingenio Mayagüez.
• Isaac Yanovich Farbaiarz, gerente de Yanovich & CÍA.