Consejo Superior
El Consejo Superior es el máximo órgano de dirección y está integrado por mínimo por 16 y máximo por 25 miembros, entre los cuales se encuentran unos miembros de carácter temporal con períodos renovables de tres años, un miembro de carácter temporal que deberá cumplir la condición de profesor de tiempo completo, para para un período de un año, renovable hasta por dos períodos, y un miembro de carácter temporal que deberá cumplir la calidad de estudiante, para un período de un año. Entre sus funciones están la de velar porque la Universidad permanezca dentro de los principios filosóficos que inspiraron su creación, formular, definir y evaluar periódicamente las políticas y objetivos generales de la Universidad; evaluar el informe semestral y aprobar los estados financieros anuales que presentan la Junta Directiva y el Rector, así como nombrar los miembros de la Junta Directiva.
Junta Directiva
La Junta Directiva está constituida por nueve miembros nombrados por el Consejo Superior para períodos renovables de dos años y entre sus funciones están las de velar por el cumplimiento de las políticas y los objetivos que fije el Consejo Superior, la calidad académica de la Universidad, el desempeño de la Universidad acorde con las disposiciones legales y el uso correcto de los recursos de la Universidad. Por delegación del Consejo Superior, la Junta Directiva autoriza la creación de programas de pregrado, especializaciones médico quirúrgicas, maestrías y doctorados.
La Junta Directiva expide los reglamentos generales de la Universidad, los reglamentos del personal administrativo, del personal docente y el reglamento estudiantil. Puede crear, modificar y suprimir las unidades, programas y dependencias académicas y administrativas diferentes a los programas de pregrado y maestrías.
